作为交通运输企业，您应进行以下会计处理：

首先，当您需要缴纳车船税时，您应该借记“税金及附加”科目。

然后，贷记“应交税费-车船税”科目。

接着，当您实际支付车船税时，借记“应交税费-车船税”科目。

最后，贷记“银行存款”科目。

在保险机构代收代缴机动车车船税时，他们应向投保人开具注明已收税款信息的交强险保险单和保费发票，作为代收税款凭证。如果纳税人需要另外开具完税凭证，保险机构应告知纳税人凭交强险保单到保险机构所在地的税务机关开具。

对于纳税人直接向税务机关申报缴纳车船税的情况，税务机关应向纳税人开具含有车辆号牌号码等机动车信息的完税凭证。如果纳税人一次缴纳多辆机动车车船税，他们可以选择合并开具一张完税凭证，分行填列每辆机动车的完税情况；或者选择合并开具一张完税凭证，同时附缴税车辆的明细表，列明每辆缴税机动车的完税情况，并加盖征税专用章。无论哪种方式，税务机关都应及时将相关纳税信息传递给保险机构。