开具由公司名称提供的发票，允许进行进项税额的勾选和抵扣。

依据《交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》（交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局2020年第24号）文件第六条第二项的规定，收费公路通行费增值税进项抵扣事项需遵循现行增值税政策的相关要求执行。增值税一般纳税人在申报抵扣通行费电子发票的进项税额时，应在纳税申报表中的《增值税纳税申报表附列资料（二）》中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次内填写相关信息。

一旦纳税人获取了通行费电子发票，他们必须登录增值税发票综合服务平台以确认发票的使用目的。税务总局通过该平台为纳税人提供通行费电子发票的批量选择确认服务，确保流程的高效与便捷。