在会计处理中，小企业会计准则允许直接将费用计入当期损益，无需进行追溯调整。对于其他准则，则需通过“以前年度损益调整”科目进行调整，增值税的处理方式与当年相同。
通常，认证不抵扣是全额抵扣的方式，如果选择做认证抵扣，则只能抵扣票面上的进项税部分，这可能不太合适。
购买金税盘和维护费时，可以借记管理费用或利润分配-未分配利润，或者以前年度损益调整；贷记银行存款/现金。
在抵减增值税税额时，可以借记应交税费应交增值税（减免税款），贷记营业外收入。
在申报时，一般纳税人需要填写《增值税纳税申报表附列资料（四）》的第1栏第2列及第3列中的当期发生的税控设备费及服务费抵减金额，并将本期需要使用抵税的金额填写在第4列中。若本期应纳税额小于可抵减金额，则余额应该填报在第5列中。
同时，还需要填写《增值税减免税申报明细表》中的“减税性质代码及名称”栏次选择“0001129914购置增值税税控系统专用设备抵减增值税”，其它栏次填报与附表四相同。
最后，在《增值税纳税申报表(适用于一般纳税人)》主表中，第23栏‘应纳税额减征额’将会根据附表四和《增值税减免税申报明细表》“本期实际抵减税额”自动带出数据进行抵减。当本期减征额小于或等于第19栏“应纳税额”与第21栏“简易征收办法计算的应纳税额”之和时，按本期减征额实际填写；当本期减征额大于第19栏与第21栏之和时，按本期第19栏与第21栏之和填写。
小规模纳税人则需要填写《增值税减免税申报明细表》中的“减税性质代码及名称”栏次同上面一般纳税人政策，并填写本期发生额、本期应抵减税额和本期实际抵减税额。若本期应纳税额小于可抵减金额，则余额应该填报在第5列中。
然后，填写《增值税纳税申报表(适用于小规模纳税人)》主表中的第16栏‘应纳税额减征额’将会根据《增值税减免税申报明细表》“本期实际抵减税额”自动带出数据进行抵减。当本期发生额小于或等于第15栏“本期应纳税额”时，按本期实际发生额填入第16栏“本期应纳税额减征额”；当本期发生额大于第15栏“本期应纳税额”时，按本期第15栏“本期应纳税额”的金额填入第16栏“本期应纳税额减征额”，本期减征额不足递减部分结转下期继续抵减。