企业承包的生产经营所得，需在自然人申报管理系统内进行申报。首先，企业需要注册账户并登录该系统。在页面上方选择“生产经营所得申报”，然后进入“生产经营所得税纳税申报表”。在此表格中，按照收入、成本和费用等相关项目进行填写，系统会自动计算出应纳税所得额。完成填写后，提交申报，系统将自动扣缴相应的税额。