根据税务机关的相关政策，当纳税人在不知情的情况下善意取得虚开的增值税专用发票时，这通常意味着购货方与销售方之间存在真实的交易。在这种情况下，如果纳税人能够重新获得合法且有效的专用发票，那么他们可以抵扣进项税款。反之，如果不能重新获取合法的专用发票，则不允许抵扣进项税款，或者需要追缴已经抵扣的进项税款。