企业应纳耕地占用税的计算方式为：适用的单位税额乘以实际占用的耕地面积。在企业筹建期间，耕地占用税通常通过在建工程科目结转至固定资产。当企业实际缴纳耕地占用税时，会计处理为借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”科目。