增值税发票综合服务平台的使用流程如下：

1. 首先，需要插上金税盘或税控盘、UKEY，然后打开发票勾选平台，输入密码，点击登录。

2. 在平台上，勾选进项发票，勾选完成后，点击抵扣勾选，再点击抵扣勾选统计。

3. 然后，点击申请统计。

4. 接下来，点击统计查询。

5. 之后，点击确认签名。

6. 在弹出的对话框中，输入证书密码，点击确定。

7. 最后，页面显示确认签名即可。