在处理员工工资发放时，母公司和子公司可以分别进行。然而，在计算个人所得税时，总公司和子公司都需要根据各自发放的工资来计算代扣代缴的个税。需要注意的是，只能由支付单位中的一方按减除费用标准减除其费用。根据《中华人民共和国个人所得税法》规定：取得两处以上工薪所得的个人必须自行申报纳税。