在新建账套时，连锁店超市应选择商业零售企业会计制度。期初金额设置为零，然后根据单位发生的业务进行对应的账务处理。每个连锁店都应设置一个独立的帐套，以便单独核算。

如果期中建账，首先需要进行清产核资。通过盘点、清理等手段，将现金、存货、往来、固定资产（含原值现值使用年限）、周转材料、低值易耗品、员工及应付工资等清理出来，并对应到指定的店面。相关资产管理应由负责人签字确认。

其次，进行试算平衡。利用资产=所有者权益 负债的公式，确立各报表项目的期初余额。对于存不确定项，可以先暂放待处理，待日后处理。

随后，建立报销制度、仓库管理制度、分店现金管理制度、分店店长的资产责任制度。同时，要建立起各店的盘点制度、凭证资料收集和传递制度。