佣金收入的增值税抵扣流程与其他业务一致。首先，根据收到的纸质发票，在增值税综合服务平台上进行勾选抵扣操作。完成勾选后，提交申请并等待统计结果。确认统计无误后，签名确认。随后，系统会自动将电子税务局增值税申报表附表二带入系统中。保存附表二后，系统会进一步自动带入增值税主表中的进项税额栏次，从而实现增值税的抵扣。

对于一般纳税人而言，在购进中介或佣金服务时，如果取得符合法律、行政法规或国家税务总局相关规定的增值税扣税凭证，其进项税额可以从销项税额中扣除。然而，这些服务不能用于财税2016年36号文第27条规定的项目。

公司在使用完税凭证抵扣进项税额时，必须提供书面合同、付款证明以及境外单位的对账单或发票。如果资料不完整，则无法从销项税额中扣除相应的进项税额。

通常情况下，营改增政策实施后，佣金是可以被抵扣的。