在处理公司支付的停车费和过路费时，需要根据具体情况确定相应的会计科目。例如，当公司的车辆因公出差时发生的停车费和路桥费，应根据使用部门将其计入到管理费用或销售费用—车辆费—停车费等科目。而如果这些费用是作为员工车辆费补贴发放的，则应将这些费用计入到管理费用—福利费等科目进行核算。