通常，企业扣税是基于实际申报的金额进行的。如果企业在缴税时发现扣税金额与申报金额存在差异，应首先检查企业的申报数据与预期数据是否一致。若存在差异，需找出具体项目及其成因，确认原因并进行相应调整后再进行实际扣缴。