个体工商户税务登记证遗失后，需要注销。首先建议前往主管税务机关进行咨询。一般情况下，操作流程如下：

1. 企业需要在报纸上登报声明丢失的税务登记证作废。

2. 然后向税务局提交申请，并附上相关资料以重新办理税务登记证。

3. 最后按照正常的注销流程对税务登记证进行注销。