在出口商贸企业中，收入确认的方式主要有三种，具体如下：

1、以FOB金额为基础确认收入，并代收代付运保费。

2、通过冲减收入来处理运保费。一些企业选择先按照成交金额确认收入，随后再将运保费作为冲减项目处理。这种做法遵循了原财商字1995 620号的规定。

3、直接以成交金额确认收入，并将运保费视为价外费用。