在处理民办学校的课程报酬时，学校应将其视为一种运营成本，并纳入主营业务成本科目进行会计处理。若课程报酬是支付给本校员工，则通过应付职工薪酬项目进行核算；若支付给外部讲师，则记入应付账款科目。具体会计分录如下：

借记：主营业务成本—人工费/课时费等，

贷记：应付职工薪酬等。