当企业收到政府拨付的节能改造资金时，这笔款项应当被记录在“专项应付款—××项目”这一会计科目下。具体会计分录为：
借：银行存款
贷：专项应付款—××项目
此外，如果节能改造专项研究项目需要购买仪器设备等固定资产，这些资产的成本则应计入“固定资产”科目进行核算。相关的会计分录如下：
借：固定资产
贷：银行存款