当公司与个体户进行交易时，若交易金额达到一定规模，公司向个体户支付款项是免税的。然而，根据交易的性质，公司需要开具增值税专用发票或普通增值税发票。接下来，公司需依据发票上注明的不含税金额计算并缴纳相应的增值税。最后，基于实际缴纳的增值税额，还需进一步缴纳城市维护建设税、教育费附加以及地方教育费附加。