在处理企业房屋二次装修费用时，若涉及的是企业自有的房产且该费用满足资本化的条件，则应将其计入固定资产成本。这意味着这部分费用可以通过计提折旧的方式，在企业所得税前进行扣除。
对于租赁而来的房屋所产生的二次装修费，情况则有所不同。此时，这些费用需要通过长期待摊费用科目来进行核算，并按照预定的时间周期逐步摊销，同样可以在计算企业所得税时予以抵扣。