高速公路过路费的抵扣流程如下：首先，根据取得的增值税电子普通发票上的税额，勾选平台提供的下载打印纸质发票选项，提交申请并确认。随后，在增值税申报表附表二中，按照与专用进项税额相同的方式填写对应的栏次。

对于桥、闸通行费而言，其可抵扣的进项税额计算方法为：将发票上注明的金额除以（1 5%）后，再乘以5%，结果填入增值税申报表附表二的8B栏次。