首先，将年终奖除以12得出的商数用于确定税率和速算扣除数。接着，用全年一次性奖金乘以适用税率，然后减去速算扣除数来计算个人所得税。如果当月工资低于5000元，则需要从年终奖中减去与5000元的差额，再按照上述方法计算应纳税额。在发放年终一次性奖金时，应从个人所得中代扣代缴个人所得税。