纳税人跨县(区)迁移时，需遵循以下步骤进行变更登记：

1. 若在同一城市的不同城区之间迁移，只需办理税务登记的变更手续。税务机关将在内部完成相关信息的更新和档案的移交工作。完成这些步骤后，企业可以前往新的城区税务机关报到；

2. 对于市外跨县的迁移，必须先在原主管税务机关办理注销税务登记手续。随后，企业需要在新址所在地的税务机关重新办理税务登记。