支付违反合同罚款应计入营业外支出，具体会计分录如下：

借：营业外支出

贷：银行存款/库存现金

营业外支出是指企业在生产经营活动之外发生的各种支出，包括但不限于固定资产盘亏、处置固定资产的净损失、出售无形资产的损失、债务重组的损失、计提的固定资产减值准备、计提的无形资产减值准备、罚款支出以及捐赠支出等。