土地增值税清算是纳税人在满足特定条件后，根据税收法律、法规及相关政策规定，计算房地产开发项目所需缴纳的土地增值税税额，并结清该房地产项目应缴的土地增值税税款的行为。
首先，纳税人需要根据房地产开发项目计算总的土地增值税应纳税额。这包括对该项目的销售收入、开发成本、相关费用等进行详细的核算和分析。通过合理的计算方法，确定该项目的土地增值税应纳税额。
然后，纳税人需要减去已经预交的土地增值税税款。这意味着纳税人需要将之前已经缴纳的土地增值税金额从总应纳税额中扣除。这一步骤是为了确保纳税人只需补缴差额部分，避免重复缴纳或退还多余的税款。
最后，纳税人需要计算出应补退的土地增值税税款金额。这是通过将总应纳税额减去已预交税款得出的结果。如果结果为正数，纳税人需要补缴相应的税款；如果结果为负数，纳税人可以要求退还多余的税款。
总之，土地增值税清算是一项重要的税务程序，旨在确保纳税人按照法律规定准确计算和缴纳土地增值税税款。通过合理的计算和核对，纳税人可以避免因税款不足或多余而造成的不必要的纠纷和损失。