企业注册地和经营地不在一起时，一般应该在注册地缴税。根据《税务登记管理办法》（国家税务总局令第7号）第二条规定，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位，均应按照《税收征管法》及《实施细则》和本办法的规定办理税务登记。
《增值税暂行条例》第二十二条规定了增值税纳税地点。固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。如果总机构和分支机构不在同一县（市），则应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
因此，当企业的注册地和经营地不在同一地区时，需要根据具体情况进行税务管理。首先，企业应根据《税务登记管理办法》的规定办理税务登记。其次，根据《增值税暂行条例》的规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。如果总机构和分支机构不在同一县（市），则需要分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。在特殊情况下，经过国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
总之，企业在注册地和经营地不在一起时，需要注意税务管理的规定，并按照规定办理税务登记和申报纳税。这样可以确保企业的税务合规，避免出现不必要的税务问题。