当发票入库单存在不一致时，首先需要查明原因。这可能涉及到两种情况：发票本身是正确的，而自制的入库单存在问题；或者入库单是正确的，但发票存在错误。
在第一种情况下，如果发票信息无误，那么我们需要对单位的自制入库单进行修改或重新填写。这是为了确保所有的财务记录都能准确反映实际的交易情况。然后，根据修正后的入库单进行正确的入账操作。这个过程可能需要与相关的会计部门或者财务部门进行协调，以确保所有的步骤都能按照正确的程序进行。
在第二种情况下，如果入库单是正确的，但发票存在错误，那么我们需要将发票退回给对方单位，并要求他们重新开具一张正确的发票。这可能是由于对方单位在开具发票时出现了错误，或者是由于某些原因导致发票的信息无法与实际的交易情况相符。在这种情况下，我们需要保持与对方单位的沟通，以确保他们能够尽快提供一张正确的发票。
总的来说，当发票入库单存在不一致时，我们需要根据具体情况采取相应的处理措施。无论是修改入库单，还是退回发票，都需要我们与相关的部门进行协调，以确保所有的财务记录都能准确反映实际的交易情况。同时，我们也需要保持与对方单位的沟通，以确保他们能够提供正确、准确的发票信息。