农村信用社会计科目的账务处理主要如下：
一、发放贷款： 代理社：借：贷款类科目，贷：活期存款—企业户。成员社：借：贷款类科目，贷：存放联社款项。代理社收到划来的款项后：借：联社存放款项，贷：活期存款—企业户。
二、收回贷款本金及利息： 代理社：借：活期存款—企业户，贷：贷款科目利息收入联社存放款项。成员社：借：存放联社款项，贷：贷款科目利息收入。贷款发生逾期占用形态发生改变按相应办法结转。
以上假设条件：代理社为联社营业部，且各信用社在营业部开设结算账户，科目使用1124存放联社款项和2323联社存放款项。