企业在进行年度汇算清缴纳税申报时，有责任向税务机关报送与研发项目相关的文件并完成备案。同时，企业还需将以下资料妥善保存以备查证：
1. 自主、委托、合作研究开发项目的计划书，以及企业有权部门对于这些项目的立项决议文件。
2. 自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况，以及所有参与研发活动的人员名单。
3. 经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同。
4. 从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明，包括工作使用情况记录。
5. 集中研发项目的研发费决算表，以及集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等相关资料。
6. “研发支出”辅助账。
7. 如果企业已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应将其作为资料留存备查。
8. 根据省税务机关的规定，可能还需要提交其他相关资料。
企业必须确保所有相关信息的准确性和完整性，以便在税务审计时能够提供充分的支持。