公允价值变动损益的会计处理主要有以下几方面：
首先，在资产负债表日，如果交易性金融资产的公允价值高于其账面余额，企业应做如下分录。借记“交易性金融资产—公允价值变动”，并贷记“投资性房地产—公允价值变动”。如果公允价值低于其账面余额，则进行相反的会计分录。
其次，当出售交易性金融资产时，企业需要借记“银行存款”科目，并贷记“交易性金融资产—成本、交易性金融资产—公允价值变动”科目。同时，根据“公允价值变动损益”科目的余额，借记或贷记本科目，并贷记或借记“投资收益”科目。同样的方式也适用于处置以公允模式进行后续计量的投资性房地产。
最后，企业还需要借记“交易性金融资产—公允价值变动科目的余额”，并借或贷“交易公允价值变动损益”，以及借或贷“投资收益”。同时，按照“公允价值变动损益”科目的余额，借记或贷记本科目，并贷记或借记“投资收益”科目。