一般纳税人的房地产开发企业在预售商品房时，会收到预收款。为了计算预缴增值税税额，企业应按照3%的预征率进行计算。具体公式如下：
应预缴税款=预收款÷（1 适用税率或征收率）×3%
如果适用一般计税方法计税，则按照9%的适用税率计算；如果适用简易计税方法计税，则按照5%的征收率计算。
根据国家税务总局发布的《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第18号），会计上应将这部分税款计入“应交税费-预交增值税”科目。该科目核算一般纳税人转让不动产、提供不动产经营租赁服务、提供建筑服务以及采用预收款方式销售自行开发的房地产项目等其他按现行增值税制度规定应预缴的增值税额。