在设立企业内部会计控制制度时，应遵循以下六大原则：
首先，有效性原则。设计内控制度的目的在于规范管理行为，保证企业目标的实现。内部会计控制制度应约束企业内部涉及会计工作的所有人员，任何个人都不得拥有超越内部会计控制的权利。内控环节不宜过长而又环环相扣，使人操作起来切实有效；必须有利于控制和检查，具有了解控制制度执行情况的手段和途径，同时要根据执行情况和管理需要不断完善，以提高工作质量和效果。
其次，全面性原则。内部会计控制应涵盖企业内部涉及会计工作的各项经济业务及相关岗位，并针对业务处理过程中的关键控制点，落实到决策、执行、监督、反馈等环节。除此之外还应严格贯彻账、钱、物分管，任何一项经济业务都要按照既定的程序和手续办理，多人经手，共同负责，防止企业资产的流失。
第三，相互牵制原则。一项完整的经济业务活动，必须经过具有互相制约关系的两个或两个以上的控制环节方能完成。各部门或人员必须相互配合，各岗位和环节都应协调同步，避免一个人对某一项业务可以单独处理或有绝对控制权。
第四，成本效益原则。企业内部会计控制的分工、审核、制衡，都必须考虑是否符合成本效益原则。断定一项控制是否有效，应当站在企业整体利益的角度上考虑。虽然内部会计控制面向企业内部的各项经济业务、各个部门和各个岗位，但这样并非意味着控制点越多越好，控制点的设置必须考虑到成本与效益之间的关系。
第五，领导（业主）重视原则。内部控制的成败很大程度上决定于领导或企业主的重视和执行程度。加强内部控制，实际上是加强对企业实际经营管理者的控制。有些管理者对内部控制很不重视，导致企业缺乏明确的内部控制程序和标准。
最后，遵循有关法律法规规定及切合企业实际的原则。企业内控制度设计要遵循国家统一的规定，充分考虑企业自身的生产经营特点和要求，使其具有较强的可操作性。凡是可由企业自主选择的财务事项，企业应根据国家统一规定并结合企业自身的生产规模、经营方式、组织形式等方面的实际情况做出具体规定。