当公司向其他企业提供运输服务并收取运费时，这笔费用应被视为公司的收入。在财务会计中，这笔收入应计入主营业务收入和其他业务收入科目，并确认相应的销项税额。
具体的会计分录如下：
首先，从应收账款中借记一笔款项。这是因为公司在提供服务后，有权收取对方企业的运费。这笔款项将作为公司的应收账款进行记录。
其次，贷记主营业务收入。这是因为运费收入是公司主营业务的一部分，因此需要将其计入主营业务收入科目。
最后，贷记应交税费—应交增值税—销项税额。这是因为根据税法规定，公司需要为提供的服务交纳增值税。销项税额是指公司需要交纳的增值税金额，因此需要将其计入应交税费科目。
综上所述，公司开给对方企业的运费应作为公司的收入进行核算，并按照会计分录进行记录。这样可以确保公司的收入和税款都得到准确计算和报告，有助于公司的财务分析和决策。