当公司发放科研立项奖金时，会计分录的处理如下：
首先，在计提科研立项奖金时，会计需要做以下处理： 借：管理费用—科研奖金。这个科目会根据部门的不同计入不同的会计科目。 贷：应付职工薪酬—科研奖金。这一步骤是为了记录公司欠员工的科研奖金。
其次，在支付科研立项奖金时，会计需要做以下处理： 借：应付职工薪酬—科研奖金。这一步骤是为了减少公司欠员工的科研奖金。 贷：应交税费—应交个人所得税。这一步骤是为了计算并记录员工需要缴纳的个人所得税。 贷：银行存款。这一步骤是为了减少公司在银行的存款，即实际支付给员工的奖金。
最后，在代扣代缴个人所得税时，会计需要做以下处理： 借：应交税费—应交个人所得税。这一步骤是为了记录公司需要代扣并代缴的个人所得税。 贷：银行存款。这一步骤是为了减少公司在银行的存款，即实际代扣并代缴的个人所得税。
以上就是公司发放科研立项奖金时的会计分录处理过程。