公司支付快递费会计分录的处理方法，取决于发生快递费的部门。以下是具体的会计分录：
1. 当管理部门产生快递费用时，会计分录为：借记“管理费用”，贷记相应的银行存款等。
2. 对于销售部门产生的快递费用，会计分录为：借记“销售费用”，贷记相应的银行存款等。
3. 车间部门产生的快递费用，会计分录为：借记“制造费用”，贷记相应的银行存款等。
4. 在计算增值税时，需要将快递费用计入应交税费-应交增值税-进项税额。这一步骤是为了确保公司在缴纳增值税时，能够准确计算出应纳税额。
5. 根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务。这些服务的增值税税率一般为6%。
以上就是公司支付快递费的会计分录处理方法，以及相关的税收政策。希望这些信息能够帮助您更好地理解和处理这类会计问题。