补交相关税款时，应该通过缴纳税款的相关分录做账。一般补交的是增值税、企业所得税、个人所得税及其他税费。这些款项应当通过“应交税费”相关二级科目以及“银行存款”科目核算。
首先，当需要补交增值税时，会计分录如下： 借：应交税费—未交增值税 贷：银行存款
其次，如果需要补交企业所得税，会计分录如下： 借：应交税费—应交所得税 贷：银行存款
最后，如果需要补交其他税费，例如城建税等相关明细，会计分录如下： 借：应交税费—应交城建税等相关明细 贷：银行存款
以上是根据不同的税款类型，对应的会计分录进行补交的步骤。通过正确记录这些分录，可以确保企业按照法规要求及时缴纳相关税款，避免因漏缴或逾期缴纳导致的罚款或其他不良后果。