增值税发票的作废操作需要遵循一定的步骤。首先，发票作废的前提条件是发票未开具且未填写，否则无法进行作废操作。其次，经营单位应当符合一定条件，如有增值税登记证，具备增值税缴款义务等。
接下来，根据《增值税发票管理办法》第三十八条的规定，发票作废要经过税务机关审核确认，由税务机关按发票代码规则调整可开具的发票额度。最后，有关发票作废的单据要留存及时报送税务机关审核，以便核实合规运行。
此外，发票作废对于企业来说有一定的风险。企业在作废发票时，应该充分考虑及时填写、保存等发票管理细则，避免发生发票作废纠纷。如果企业发票作废后，仍出现开票错误或其他税收风险，企业可以申请税务机关给予减免处罚，以更好地管理发票信息和完善税务管理。